Isla de los Pajaros se ubica frente al Istmo Carlos Ameghino en el área sur del Golfo San José, a 800 m de la costa. Podemos encontrar: Gaviota Cocinera, Biguá, Garza Bruja, Cormorán de cuello negro, Garza Blanca, Ostrero Común, Ostrero Negro, Pingüino de Magallanes, Pato Crestón y Vapor Cabeza Blanca. La temporada en que se reproducen es septiembre – febrero.
Desde la reserva se pueden ver 2 tipos de aves: nidificadoras y, de vez en cuando, aves de paso como flamencos, chorlos y petreles.
La especie mas numerosa en esta zona es la gaviota cocinera, con mas de 3000 nidos en temporada de reproducción.
Los pingüinos de Magallanes aparecieron recién en los últimos 20 años, hoy hay más de 200 nidos.
Históricamente podemos decir que esta isla fue creada el 29 de septiembre de 1967, como reserva de dicha península.
Se halla ubicada en las proximidades de la tierra, donde alguna vez estuvo emplazado el Fuerte San José. Éste fue destruido por los indios Tehuelches en 1810 como consecuencia de ser unos de los primeros intentos de la colonización patagónica.